Tajemnica to coś, czego się nie umie wyjaśnić lub też coś, czego się nie rozumie. W interesującym nas kontekście tajemnica jest więc czymś, co przekracza możliwości rozumu ludzkiego. W odgadnięciu tajemnicy nie przeszkadzają zatem tylko doraźne trudności, na przykład związane z ograniczoną dokładnością aparatury badawczej. Nie jest więc tak, że coś, co jest tajemnicą, będzie się dało rozwiązać wskutek postępu technologicznego.

Przykładem tajemnicy może być chrześcijański dogmat o Trójcy Świętej, uznający, że Bóg jest Bogiem Trójjedynym, istniejącym jako trzy Osoby, przy jednoczesnym pozostawaniu tylko jednym Bogiem. Innym przykładem tajemnicy dla żyjącego człowieka może być los duszy ludzkiej po śmierci ciała. Na tego typu tematy można tylko spekulować, jednak nie dysponujemy możliwościami ani rozumowymi, ani doświadczalnymi, aby zyskać w związku z nimi potwierdzoną i prawdziwą wiedzę.