Czynnik mutagenny jest to czynnik, który powoduje zwiększone występowanie mutacji genetycznych w populacjach komórek lub organizmów. Do czynników tych należą m.in.:

• promieniowanie UV - Głównym efektem działania promieniowania nadfioletowego jest wytwarzanie dimerów pirymidynowych, które zaburzają replikację DNA. Komórki niezdolne do usuwania dimerów pirymidynowych są zabijane nawet przez małe dawki promieniowania UV. Sama obecność tych dimerów nie jest mutacją, a jedynie uszkodzeniem DNA. Mutacje w tym przypadku powstają w sposób pośredni, ponieważ powstają dopiero podczas naprawy wytworzonych promieniowaniem dimerów. Promieniowanie nadfioletowe doprowadza do mutacji typu tranzycji, transwersji i rzadziej do mutacji zmiany ramki odczytu.
• kwas azotowy(II) HNO₂ - kwas azotowy działa na DNA podczas całego cyklu komórkowego powodując dezaminację guaniny, adeniny i cytozyny, przekształcając je odpowiednio w ksantynę, hipoksantynę i uracyl. Powstałe produkty powodują mutacje typu tranzycja.
• niektóre wirusy - wirusy, aby móc się namnażać wbudowują swój materiał genetyczny do genomu znajdującego się w komórkach. Takie zabiegi skutkują zmianami w materiale genetycznym, nie tylko "pożądanymi" przez wirusa, ale czasem także mutacjami powstającymi w wyniku uszkodzeń materiału genetycznego podczas dobudowywania genomu wirusowego.