Najgroźniejsze skutki spadku bioróżnorodności obserwuje się w ekosystemach, które już wcześniej charakteryzowały się małą różnorodnością biologiczną. Wymieranie kolejnych gatunków może prowadzić do zachwiania równowagi w ekosystemie, ponieważ nie będzie gatunków o podobnych niszach mogących zastąpić te wyeliminowane. W efekcie wymierać będą kolejne gatunki będące wyżej w łańcuchu pokarmowym. Ubogie w gatunki ekosystemy będą bardziej narażone na ataki drapieżników żywiących się konkretnych pokarmów, a także na inwazje pasożytów. W skutek wymierania roślin wiele innych organizmów utraci swoje siedliska i miejsca lęgowe. Z uwagi na to, że człowiek stale korzysta z dóbr natury spadek bioróżnorodności wpłynie negatywnie także na nasze życie - może zabraknąć pożywienia, wody, drewna czy innych surowców. Ekosystemy pełnią funkcje regulacyjne, dlatego ich rozregulowanie może doprowadzić do rozregulowania klimatu, pogorszenia się jakości powietrza i gleby, zaburzenia obiegu pierwiastków i wody. Innym aspektem są wartości kulturowe tj. rekreacja, turystyka, wartości duchowe, edukacyjne, z których czerpanie również będzie utrudnione.