Szczepionka zawiera osłabione lub martwe drobnoustroje. Po wprowadzeniu szczepionki do organizmu, układ odpornościowy rozpoznaje obce antygeny i stymuluje limfocyty B do produkcji przeciwciał.  W ten sposób organizm nabywa odporności na określony antygen. Dzięki pamięci immunologicznej, w przyszłości limfocyty będą mogły go rozpoznać i zwalczyć. Działanie szczepionki jest wolne, ale efekt jej działania jest długotrwały. W przypadku niektórych chorób, podanie szczepionki gwarantuje odporność na tę chorobę przez resztę życia. Szczepienia ochronne prowadzą do uzyskania odporności czynnej sztucznej.