Podstawowe zadania ministra zdrowia:

• prowadzenie oraz współuczestniczenie w prowadzeniu edukacji w zakresie zapobiegania i rozwiązywania problemów związanych z negatywnym wpływem na zdrowie czynników środowiskowych i społecznych;
• prowadzenie działań oraz współuczestniczenie w działaniach związanych z promocją zdrowia i profilaktyką chorób, w tym w ramach programów polityki zdrowotnej;
• ustalanie programów pilotażowych;
• opracowywanie, finansowanie i ocena efektów programów polityki zdrowotnej, a także nadzór nad ich realizacją;
• kwalifikowanie świadczeń opieki zdrowotnej jako świadczeń gwarantowanych;
• zatwierdzanie oraz zmiana taryfy świadczeń;
• finansowanie z budżetu państwa, z części pozostającej w dyspozycji ministra właściwego do spraw zdrowia, świadczeń gwarantowanych w zakresie określonym w ustawie, w tym w stosunku do osób uprawnionych do świadczeń opieki zdrowotnej na podstawie przepisów o koordynacji;
• planowanie, przekazywanie i rozliczanie dotacji z budżetu państwa;
• współdziałanie z organizacjami pozarządowymi o charakterze regionalnym lub ogólnokrajowym działającymi na rzecz ochrony zdrowia;
• zatwierdzanie planu finansowego Funduszu w porozumieniu z ministrem właściwym do spraw finansów publicznych,
• opiniowanie sprawozdania finansowego Funduszu;
• przedkładanie Sejmowi Rzeczypospolitej Polskiej do dnia 31 sierpnia następnego roku sprawozdania rocznego z działalności Funduszu;
• powoływanie i odwoływanie Prezesa Funduszu, zastępców Prezesa Funduszu, członków Rady Funduszu i dyrektorów oddziałów wojewódzkich Funduszu;
• sprawowanie nadzoru nad Agencją.