Tytułowy tajemniczy ogród został zamknięty po śmierci żony pana Cravena. Przez 10 lat teren był opuszczony, nikt tam nie wchodził oprócz Bena, który przycinał róże z szacunku dla zmarłej. Dopiero Mary odnalazła klucz do tego niezwykłego miejsca i razem z Dickiem zaczęła je pielęgnować. Wspólna zabawa i przebywanie w ogrodzie oraz jego magia sprawiły, że dzieci zmieniły się. Mary stała się uprzejma, a Colin przestał czuć się samotny. Ogród ma w powieści wiele ukrytych znaczeń. Zamknięty i zaniedbany - może symbolizować opuszczenie. Zmiany w roślinności, przywracanie przestrzeni do życia to obraz przemian zachodzących w dzieciach: Colinie i Mary. Dla pana Cravena ogród był źródłem smutku, dlatego nie chciał tam wchodzić. Ale właśnie tym miejscu przekonał się, że jego syn jest zdrowy, i poczuł się szczęśliwy. Historia ogrodu pokazuje, jak ważną rolę w życiu człowieka odgrywa natura i kontakt z innymi.