Przeszukiwanie łańcucha DNA pod kątem występujących w nim sekwencji:

Algorytm naiwny (algorytm N) służy do wyszukiwania wzorców w ciągach znaków. Przebiega on sekwencyjnie przez cały ciąg, porównując wzorzec z każdą możliwą pozycją. Jeśli znaleziono dopasowanie, algorytm kontynuuje sprawdzanie pozostałych znaków wzorca.

W przypadku danego łańcucha DNA o sekwencji TCTAACAGCCCCATATCGGG i wzorca CAT, algorytm naiwny odnajdzie ten wzorzec na dwunastej pozycji w łańcuchu.

Liczbę znalezionych wzorców można określić na podstawie działania algorytmu naiwnego. W przypadku tego łańcucha DNA i wzorca CAT, algorytm naiwny odnajdzie tylko jedno dopasowanie, ponieważ wzorzec CAT występuje tylko raz w sekwencji.