W maju 1575 r. nowym władcą został Stefan Batory. Na początku jego panowania nie cieszył się powszechną akceptacją. Nadal wśród szlachty funkcjonowało stronnictwo prohabsburskie, które popierało Maksymiliana Habsburga. Stopniowo, jednak Batory zjednywał sobie popleczników. Ostatnim ośrodkiem opozycyjnym był Gdańsk, gdzie długo opierano się nowemu władcy. Władze miasta m.in. starali się wymusić na władcy ustępstwa dla miasta. Dla podkreślenia swojej władzy Batory przeprowadził blokadę Gdańska i skierował polski handel do Elbląga. Konflikt z Gdańskiem zakończył się w 1577 r. całkowitą kapitulacją mieszczan.

W dalszym okresie swojego panowania Stefan Batory przyjął taktykę obsadzania