Rzeczpospolita już przed reformacją nie była jednorodna wyznaniowo. Proces ten w XVI w. doprowadził do jeszcze większego zróżnicowania ludności państwa pod względem wiary. Dominującymi wyznaniami były:

• Katolicyzm - Wciąż wyznawany przez większość obywateli Rzeczypospolitej. Szczególnie silną pozycję miał w Kujawach, większości Wielkopolski i Mazowsza oraz w południowej Polsce i terenie północno-wschodniego wybrzeża.
• Prawosławie - Najistotniejsze we wschodniej części kraju. Stanowiło większość na kresach wschodnich, ale także silną pozycję miało na byłych terenach ruskich, które stanowiły większość dawnego Wielkiego Księstwa Litewskiego.
• Protestantyzm - Głównie luteranizm i kalwinizm. Największe ośrodki w Prusach Królewskich, Pomorzu Gdańskim, Inflantach, a także w północnej Wielkopolsce, Małopolsce i w okolicach Białorusi. 
• Islam - Wyznawany głównie przez Tatarów osiadłych na ziemiach Rzeczypospolitej w terenach Podola i Halicza.
• Judaizm - Wyznawany przez Żydów, którzy swoje liczne gminy posiadali przede wszystkim w dużych miastach.