Reformacja powodowała powstawanie gimnazjów luterańskich w Elblągu, Gdańsku oraz Toruniu. Powstawały także szkoły protestanckie w Bojanowie, Wschowie i Rawiczu. Kalwiniści założyli gimnazjum w Pińczowie. Poważne dokonania oświatowe mieli także bracia polscy. Wśród nich wyróżniał się Wojciech z Kalisza, rektor gimnazjum ariańskiego w Lubartowie oraz współtwórca Akademii Rakowskiej. Bracia czescy utworzyli szkołę w Lesznie. Zaistnienie szkolnictwa protestanckiego spowodowało w XVI wieku rozwój katolickiego szkolnictwa parafialnego. Wiele nowych placówek oświatowych Kościoła katolickiego utworzyli sprowadzeni do Polski jezuici. Stali się oni głównymi organizatorami szkolnictwa w kraju. Tworzyli kolegia jezuickie, spośród których dwa - w Wilnie i Lwowie - stały się podstawą nowych uniwersytetów. Kontrreformacji przypisuje się także negatywne oddziaływanie na oświatę, w tym kryzys Akademii Krakowskiej. Wyrazem zdystansowania się do tych zjawisk było utworzenie w Zamościu Akademii Zamojskiej - świeckiej szkoły, mającej kształcić przyszłych urzędników.