Okres pontyfikatu Innocentego III był czasem niezwykłego rozwoju Kościoła. Papież ten doprowadził do zreformowania struktur władzy w Kościele, skupiając je w swoim ręku. Wyłączył klasztory spod władzy biskupów i poddawał je bezpośrednio swojemu zwierzchnictwu. Wszelkie te decyzje potwierdził w 1215 na synodzie. Dzięki wzmocnionej pozycji, jako władcy absolutnego w Kościele wzrosła także jego rola na arenie międzynarodowej m.in. Innocenty III miał wpływ na wybór dwóch nowych cesarzy. Wszelkie przejawy sprzeciwu kończyły się nałożeniem ekskomuniki. Jego następcy również starali się dorównywać w polityce. Okres panowania Innocentego III i jego następców jest nazywany uniwersalizmem papieskim, ponieważ papież sprawował władzę nad Kościołem oraz dominował nad władcami świeckimi.