Papiestwo w celu zahamowania, a następnie zniszczenia reformacji podjęło próbę odnowy wewnętrznej sytuacji w Kościele. Do najważniejszych działań kontreformacyjnych Kościoła katolickiego należało: zwołanie powszechnego soboru w Trydencie (1545 - 1563), który m.in. sprecyzował najważniejsze dogmaty wiary katolickiej i odrzucił ich interpretację przez zwolenników reformacji, przeprowadził reformę organizacji i liturgii w Kościele, potępił ideę predestynacji i powołał seminaria duchowne podnoszące poziom wykształcenia księży. Utworzono Święte Oficjum i założono Towarzystwo Jezusowe - zakon ściśle podporządkowany papieżowi, którego głównym celem była walka z reformacją. Na czele zakonu jezuitów stanął Ignacy Loyola. 

Uważam za dopuszcalne: zwołanie soboru powszechnego w Trydencie oraz powołanie nowego zakonu - Towarzystwa Jezusowego. Odrzucam: Święte Oficjum, które bezwzględnie zwalczało wszelkie odmiany herezji oraz Indeks ksiąg zakazanych, na którym umieszczano wszystkie dzieła niezgodne z nauką Kościoła katolickiego. Indeks ksiąg zakazanych istniał do 1966 roku. Znalazły się na nim dzieła naukowe i filozoficzne o bardzo dużej wartości m.in. Galileusza, Kanta, Keplera, Kopernika oraz Monteskiusza.