Zabiegi agrotechniczne mają bardzo duży, często wieloaspektowy i długotrwały wpływ na środowisko przyrodnicze. Pierwszym zabiegiem agrotechnicznym, który weźmiemy pod uwagę jest stosowanie nawozów sztucznych i środków ochrony roślin. Rolnicy  stosują podczas uprawy często dużą ilość tych środków chemicznych, co prowadzi do zanieczyszczenia gleby i wód powierzchniowych. Te ostatnie mogą ulec ponadto procesowi eutrofizacji.

Przykładem drugiego zabiegu agrotechnicznego są melioracje, czyli między innymi nawadnianie pól uprawnych. Dzięki nim okresowe braki wody na polach uprawnych są uzupełniane z wykorzystaniem naturalnych cieków wodnych, takich jak rzeki i strumienie. Ich nadmierna eksploatacja może prowadzić z czasem do obniżenia się w nich poziomu wody a nawet całkowitego ich zaniku. Podobny los może spotkać jeziora, których dopływy zostały wykorzystane właśnie w ten sposób. Co więcej, prowadzenie nawadniania w gorącym, suchym klimacie często skutkuje zasoleniem i spadkiem użyteczności gleby.