Morze Bałtyckie jest podatne na zanieczyszczenia i utrzymują się one długo, ponieważ morze to ma wąskie połączenie z otwartymi wodami Morza Północnego. Dodatkowo cyrkulację wody utrudniają wysokie progi cieśnin duńskich, co sprawia, że całkowita wymiana wody w Bałtyku następuje średnio co 30 lat. Duże zanieczyszczenie Bałtyku spowodowane jest trafianiem do niego wraz z wodami powierzchniowymi i podziemnymi środków ochrony roślin, nawozów, odpadów poprodukcyjnych, ścieków komunalnych, substancji ropopochodnych oraz wyciekami ze statków czy platform wiertniczych.