Budowa geologiczna ma duży wpływ na rzeźbę Bekidów. Omawiane pasma górskie zbudowane są bowiem z kompleksu skał osadowych, zwanych fliszem karpackim. Składa się on m.in. z piaskowców, łupków oraz zlepieńców. Skały te wykazują duże różnice w odporności na niszczenie - najbardziej odporne są piaskowce, z kolei najmniej - łupki. Widać to bardzo dobrze w korytach miejscowych rzek i potoków - praktycznie zawsze progi skalne zakładane są na odpornych warstwach piaskowców. Generalnie niewielka odporność skał osadowych na wietrzenie i procesy erozyjne sprawia, że Beskidy zaliczamy do gór średnich, mimo że zostały sfałdowane w ostatniej orogenezie (alpejskiej). Stoki odznaczają się średnimi nachyleniami, a wierzchołki są często kupulaste i wydłużone (w przeciwieństwie do gór zbudowanych ze skał krystalicznych).