Najmocniej zanieczyszczona jest przybrzeżna część Bałtyku w pobliżu dużych portów i miast. Dzieje się tak dlatego, że do wód morskich z tych obszarów dostaje się największa ilość ścieków przemysłowych. Duże zanieczyszczenie jest również charakterystyczne dla miejsc ujścia rzek do Bałtyku - rzeki bowiem doprowadzają do morza zanieczyszczenia z pół uprawnych (środki ochrony roślin) i ścieki komunalne, które dostały się do rzek.