Zasolenie morza Bałtyckiego jest stosunkowo niewielkie i waha się od około 3‰ w północnej części Zatoki Botnickiej do maksymalnie 20‰ w okolicy cieśnin duńskich. Różnica w zasoleniu wynika z dwóch przyczyn - generalnie im dalej od miejsca wymiany wód Morza Bałtyckiego z Atlantykiem tym zasolenie jest coraz mniejsze (coraz mniejszy dopływ słonych wód oceanicznych). Drugim czynnikiem wpływającym na niskie zasolenie wód w północnej części Morza Bałtyckiego jest niskie parowanie związane z większymi wartościami szerokości geograficznej.