Warunki przyrodnicze nie sprzyjają rozwojowi rolnictwa z powodu obecności licznych gór, w tym pochodzenia wulkanicznego. Z tego względu uprawy roślin i osadnictwo koncentrują się głównie na nizinnych częściach wybrzeża. Jeżeli chodzi o dominujące uprawy to wyraźny jest związek upraw z klimatem poszczególnych części Japonii. W południowej i środkowej części kraju dominują uprawy ryżu, w związku z oddziaływaniem cyrkulacji monsunowej, która znacznie ułatwia uprawę tego zboża. Z kolei na wyspie Hokkaido, znajdującej się na północy kraju, zaznacza się już strefa klimatu umiarkowanego, dlatego uprawy ryżu tu zanikają, a pojawiają się roślinny uprawne o innych wymaganiach klimatycznych, takie jak pszenica, jęczmień i buraki cukrowe.