Zanieczyszczenie wód podziemnych może być groźniejsze w skutkach dlatego, że w przeciwieństwie do wód powierzchniowych wody podziemne znacznie dłużej się odnawiają (kilka do kilkudziesięciu lat). Ponadto człowiek ma bardzo ograniczone możliwości oczyszczania tych wód z powodu utrudnionego do nich dostępu.