Pewien tripeptyd zbudowany z aminokwasów białkowych ma masę molową 249 g·mol^-1, a w jego cząsteczce znajdują się jedna grupa -SH oraz jedna reszta aminokwasu, którego cząsteczki są achiralne. Wiadomo też, że wolną grupę aminową ma reszta aminokwasu o najmniejszej masie cząsteczkowej, a reszta aminokwasu o największej masie cząsteczkowej ma wolną grupę karboksylową.

Napisz sekwencję opisanego tripeptydu za pomocą trzyliterowych kodów aminokwasów.

...........................................................................................................................................................................

 

---

Odpowiedź:

Sekwencja opisanego tripeptydu:

Gly-Ala-Cys

 

---

Wyjaśnienie:

Skoro mamy tripeptyd to oznacza, że występują w nim dwa wiązania peptydowe. Tworzenie każdego wiązania peptydowego uwalnia jedną cząsteczkę wody więc do masy molowej szukanego tripeptydu dodajemy masę molową dwóch cząsteczek wody i otrzymujemy sumę mas molowych trzech aminokwasów, które utworzyły ten tripeptyd:

$m=M_{\text{tripeptydu}}+2\cdot M_{\mathrm{H}{}_2\mathrm{O}}$

$m=249\frac{\mathrm{g}}{\mathrm{mol}}+2\cdot 18\frac{\mathrm{g}}{\mathrm{mol}}$

$m=285\frac{\mathrm{g}}{\mathrm{mol}}$

Następnie analizujemy treść zadania, aby zidentyfikować aminokwasy:

• jedna grupa -SH w cząsteczce tego tripeptydu oznacza jedną resztę cysteiny. 
• jedna reszta aminokwasu, którego cząsteczki są achiralne oznacza jedną resztę glicyny.

Znając masy molowe cysteiny (121 g/mol) oraz glicyny (75 g/mol) obliczymy masę molową trzeciego aminokwasu:

$M_{?}=m-M_{\text{cysteina}}-M_{\text{glicyna}}$

$M_{?}=285\frac{\mathrm{g}}{\mathrm{mol}}-121\frac{\mathrm{g}}{\mathrm{mol}}-75\frac{\mathrm{g}}{\mathrm{mol}}$

$M_{?}=89\frac{\mathrm{g}}{\mathrm{mol}}$

Taka masa molowa odpowiada masie molowej alaniny.

Wiemy więc, że tripeptyd zbudowany jest z cysteiny (Cys), glicyny (Gly) i alaniny (Ala), musimy jeszcze ustalić ich sekwencję:

• skoro aminokwas o najmniejszej masie cząsteczkowej tworzy N-koniec tego tripeptydu to pierwszym aminokwasem jest glicyna (ma najmniejszą masę molową)
• skoro aminokwas o największej masie cząsteczkowej tworzy C-koniec tego tripeptydu to ostatnim aminokwasem jest cysteina (ma największą masę molową)
• aminokwasem "środkowym" będzie więc alanina.

Dlatego sekwencja opisanego peptydu jest następująca: Gly-Ala-Cys