Glikogen w mięśniach szkieletowych pełni rolę materiału zapasowego. Jest on magazynowany w komórkach mięśniowych i w razie zwiększonego zapotrzebowania energetycznego (np. podczas wysiłku fizycznego) ulega rozkładowi do glukozy i umożliwia szybkie wytwarzanie ATP potrzebnego do skurczu mięśni.