Ostatecznym poziomem przestrzennej struktury syntazy ATP jest struktura (trzeciorzędowa / czwartorzędowa.) Kompleks ten należy do integralnych białek transbłonowych, a jego część wystająca poza dwuwarstwę fosfolipidową ma charakter (hydrofobowy / hydrofilowy.) Ze względu na pełnione funkcje biologiczne syntaza ATP należy do białek (receptorowych / enzymatycznych.)