Glikogen mięśniowy jest wykorzystywany lokalnie, przede wszystkim przez same mięśnie podczas wysiłku fizycznego. Nie może być przekształcony na glukozę i uwolniony do krwi, ponieważ mięśniom brakuje enzymu (glukozo-6-fosfatazy), który przeprowadza tę reakcję. Natomiast glikogen wątrobowy jest bardziej uniwersalnym źródłem energii dla organizmu, ponieważ jest przekształcany bezpośrednio w glukozę, dlatego umożliwia regulację poziomu glukozy we krwi i dostarczenie energii do różnych tkanek.