1. Energia, zasilająca reakcje w fosforylacji fotosyntetycznej niecyklicznej, jest energią świetlną, podczas gdy w fosforylacji oksydacyjnej wykorzystywana jest energia chemiczna z utleniania zredukowanych przenośników.

2. Końcowym akceptorem elektronów w fosforylacji fotosyntetycznej niecyklicznej jest NADP⁺, który redukuje się do NADPH, zaś w fosforylacji oksydacyjnej - tlen, który redukuje się do wody.

3. W fosforylacji fotosyntetycznej niecyklicznej protony wykorzystywane do napędzania syntezy ATP pochodzą z fotolizy wody, zaś w fosforylacji oksydacyjnej z utleniania zredukowanych przenośników NADH i FADH₂.