Prawidłowa struktura przestrzenna białka pozwala na utworzenie przez łańcuchy boczne specyficznego centrum aktywnego, czyli miejsca w cząsteczce białka, do którego może przyłączać się określony substrat reakcji. W ten sposób dochodzi do utworzenia kompleksu enzym-substrat na drodze dopasowania przestrzennego obu związków. Powstanie kompleksu pozwala obniżyć energię aktywacji reakcji i otrzymać właściwy produkt.