Rośliny nagonasienne, zwłaszcza wysokie drzewa tworzą formacje roślinne np. tajgę i zarośla wysokogórskie. Odgrywają ważną rolę w ekosystemie - stwarzają środowisko życia i zapewniają schronienie innym organizmom. Dla niektórych zwierząt stanowią źródło pokarmu, wiele ptaków i ssaków odżywia się bowiem nasionami tych roślin. Dzięki rozbudowanym systemom korzeniowym, nagonasienne zapobiegają erozji gleb. Dotyczy to zwłaszcza podłoży skalnych, które narażone są na osypywanie się ziemi i śniegu.

Człowiek również wykorzystuje rośliny nagonasienne w przemyśle