Narządy lub tkanki pobrane od dawcy posiadają na swoich komórkach antygeny, które są dla organizmu biorcy obcymi cząsteczkami. W tej sytuacji organizm biorcy aktywuje swój układ odpornościowy, aby wytworzył reakcję odpornościową przeciwko obcym antygenom. Największą rolę odgrywa tu główny układ zgodności tkankowej (HLA), którego zadaniem jest odróżnianie komórek własnego organizmu od komórek obcych.