W przewodach pokarmowych zwierząt roślinożernych żyją bakterie rozkładające celulozę. Olbrzymia liczba pożytecznych gatunków bakterii, m.in. produkujących niektóre witaminy, żyje w jelicie człowieka. Przykładem bekterii chorobotwórczych są bakterie wywołujące kiłę. Bakterie z rodzaju gronkowiec mogą być przyczyną masowych zatruć pokarmowych.