Migdałki są elementem układu limfatycznego, ale jednocześnie układu odpornościowego. Są pierwszą barierą ochronną przed drobnoustrojami dostającymi się wraz z powietrzem i pokarmem. Migdałki zbudowane są nabłonka migawkowego (z rzęskami), dzięki temu biorą udział w mechanicznym oczyszczaniu powietrza.