Proces oddychania dostarcza bakteriom energii niezbędnej do życia. Jako jedne z nielicznych organizmów mogą one oddychać zarówno tlenowo, jak i beztlenowo. Fermentacja polega na rozkładzie substancji organicznych bez udziału tlenu. Bakterie oddychające w ten sposób są przez człowieka wykorzystywane na przykład do produkcji serów, kefirów i jogurtów.  Ze względu na sposób odżywiania bakterie dzielą się na samożywne i cudzożywne. Bakterie cudzożywne czerpią pokarm z rozkładu szczątków organizmów (...). Natomiast bakterie, które wytwarzają związki organiczne z udziałem energii słonecznej, przeprowadzają fotosyntezę.