Protisty mogą być pokarmem dla innych organizmów wchodząc w skład planktonu. Niektóre z nich np. euglena zielona, produkują w procesie fotosyntezy materię organiczną, którą żywią się inne organizmy. Dzięki nim powstaje próchnica, która użyźnia glebę. Pancerzyki mikroskopijnych okrzemek (należących do prostistów roślinopodobnych) nie są trawione przez żywiące się nimi organizmy, a po obumarciu okrzemek, z ich pancerzyków powstają pokłady skalne na dnie mórz i oceanów. Niektóre protisty żyją w przewodze pokarmowym zwierząt (także człowieka), a ich główną rolą jest pomoc w trawieniu oraz unieszkodliwianie organizmów chorobotwórczych. Inne znajdują zastosowanie w leczeniu - przykładem może być roślinopodobny morszczyn, który może być wykorzystany w leczeniu wielu chorób, zwłaszcza niedoczynności tarczycy wywołanej brakiem jodu.