Początkowo polityka antysemicka nazistów polegała na prześladowaniu społeczności żydowskiej, której prawa zostały ograniczone, zaś majątek zagarnięty przez władze niemieckie.
Jesienią 1939 r. zaczęły powstawać pierwsze getta, czyli zamknięte dzielnice, do których sprowadzano masowo Żydów. Żyli oni tam w ciasnocie i bardzo złych warunkach sanitarnych. Szerzył się głód oraz choroby. Wśród największych gett należy wymienić: Warszawę, Łódź, Kraków, Białystok, Mińsk, Lublin, Wilno, Kowno i Częstochowę.
W grudniu 1939 r. władze nazistowskie nałożyły na Żydów obowiązek noszenia specjalnych opasek z niebieską Gwiazdą Dawida.
W latach 1941-1942 r. dochodziło do pogromów społeczności żydowskiej. Po ataku III Rzeszy na ZSRS w czasie mordu lokalnie żyjących Żydów zginęło ok. 70 tys. ludzi zgładzonych w lesie Rumbula i ponad 30 tys. w Babim Jarze.
Proces ludobójstwa rozpoczął się w połowie 1941 r. i trwał ok. 40 miesięcy. Synonimem Holokaustu stosowanym przez niektórych Żydów jest słowo "Szoah", co w języku hebrajskim oznacza - "całkowitą zagładę". Holokaust ideologicznie podbudowany był teoriami o wyższości narodu niemieckiego nad innymi i uznaniu Żydów za podludzi.
W styczniu 1942 r. przedstawiciele centralnych władz III Rzeszy podjęli decyzję o "ostatecznym rozwiązaniu" (Endlösung) sprawy żydowskiej, co w praktyce oznaczało akceptację tezy o całkowitej eksterminacji Żydów. Szczegóły tych nieludzkich planów dopracowano 20 stycznia 1942 r. na konferencji w Wannsee w okolicach Berlina. Operacja miała zostać przeprowadzona przez specjalne jednostki SS, jej głównym wykonawcą został Adolf Eichmann.
W wyniku realizacji polityki eksterminacji Niemcy wymordowali 6 milionów Żydów w całej Europie, w tym ok. miliona dzieci. Do ludobójstwa Żydów przyczynili się również faszyści z innych krajów, państw wasalnych III Rzeszy - Chorwacji, Francji (rząd Vichy), Węgier, republik nadbałtyckich - Łotwy, Estonii i Litwy oraz niemieccy kolaboranci w innych krajach Europy. Eksterminacja realizowana była w obozach zagłady położonych na terenie Polski oraz Niemiec. Prowadzono, jednak również rozstrzelania, szczególnie podczas kampanii w ZSRS, gdzie nie było dostatecznej infrastruktury, aby Żydów kierować do obozów. W obozach byli zamęczani na śmierć niewolniczą pracą i nikłymi racjami żywnościowymi lub ostatecznie zagazowani. Nim trafiali do obozów grupowani byli w ciasnych gettach w dużych miastach, na czele z gettem warszawskim.