Działalność Komisji Edukacji Narodowej była finansowana: 
a) z majątku jezuitów skonfiskowanego po rozwiązaniu zakonu przez papieża Klemensa XIV.
b) ze specjalnego funduszu ufundowanego przez papieża Klemensa XIV po rozwiązaniu przez niego zakonu jezuitów.
c) dzięki dochodom z wprowadzonego podatku od handlu skórami.