Grzyby należące do grupy endofitów żyją wewnątrz organów roślinnych. Oddziaływanie endofitow na rośliny może być pozytywne, negatywne lub neutralne. Przeprowadzono doświadczenie na siewkach kakaowca właściwego (Theobroma cacao) u tego gatunku drzewa endofity zasiedlają liście zaraz po wykiełkowaniu siewek. W jednej grupie doświadczalnej dodano do siewek endofityczne grzyby, w drugiej grupie hodowano siewki bez grzyba. Następnie siewki w obu grupach zaszczepiono pasożytniczym protistem z rodzaju Phytophtora. Wyniki doświadczenia 1. Śmiertelność liści w procentach : endofit nieobecny, patogen obecny - 24% obecny endofit i patogen -9% 2. Zniszczona powierzchnia liścia w procentach : endofit nieobecny, patogen obecny-15% obecny endofit i patogen 7,5%