Kompozycja Mistrza i Małgorzaty jest skomplikowana, złożona. Powieść Bułhakowa dzieli się na dwie części i składa się trzydziestu dwóch rozdziałów oraz epilogu, w którym narrator przedstawia losy mieszkańców Moskwy po zniknięciu diabelskiej świty Wolanda. Mistrza i Małgorzatę tworzą trzy główne wątki - losy mieszkańców Moskwy i działania szatańskiej bandy, apokryficzna historia Piłata, Jeszui Ha-Nocri oraz jerozolimskiej kaźni, a także wątek miłosny dotyczący tytułowych bohaterów. Współistnieją one i przeplatają się. Czas historyczny (czasy życia Jezusa) zmieszany jest z czasem teraźniejszym (moskiewskim, współczesnym autorowi), tym samym uzupełniając go. Główni bohaterowie nie pojawiają się na początku powieści, zostają wprowadzeni dopiero później. Niektóre z rozdziałów stanowią fragmenty książki Mistrza. W dziele Bułhakow korzysta z kilku konwencji: realistycznej, groteskowej oraz fantastycznej, stosuje również język ezopowy. Dzięki tym zabiegom opisuje i ośmiesza rzeczywistość totalitarnego ZSRR.