Obecnie w Synagodze Starej znajduje się oddział Muzeum Historycznego Miasta Krakowa - Dzieje i Kultura Żydów. Gromadzi ono od 1958 roku zabytki z zakresu historii i kultury Żydów, przede wszystkim krakowskich. 

Stara Synagoga jest najstarszą z synagog zachowanych w Polsce. Została wzniesiona w XV wieku na wzór synagog czeskich i niemieckich. W 1570 roku została przebudowana przez włoskiego budowniczego Matusza Gucciego, który nadała jej renesansową formę. Zachował jednak poprzedni, dwunawowy plan budowli i odtworzył jej krzyżowo-żebrowe sklepienie. W II połowie XVI wieku i w I połowie XVII wieku do synagogi dostawiono kolejno przedsionek, dwie modlitewnie dla kobiet i dom zarządu Gminy. Całość zabudowań tworzyła centrum religijno-administracyjne gminy żydowskiej na Kazimierzu. Przed I wojną światową i po jej zakończeniu poddawana była wieloetapowej restauracji, projektowanej w latach 1904, 1913 i 1923 przez Zygmunta Hendla. W 1941 roku, w okresie tworzenia przez Niemców getta w Krakowie, synagoga została przejęta przez niemiecki Urząd Powierniczy (Treuhandstelle) i użytkowana jako magazyn. Jej wyposażenie uległo zniszczeniu. Pod koniec 1944 r. runęło jej sklepienie. W latach 1956–1959 została odrestaurowana. Na podstawie porozumienia zawartego 30 października 1959 r. pomiędzy Żydowską Gminą Wyznaniową w Krakowie i Muzeum Historycznym Miasta Krakowa powstało w niej muzeum.