Wojna peloponeska (toczona w latach 431-404 r. p.n.e.) osłabiła Grecję pod względem politycznym i gospodarczym. Żadna ze stron (Ateny ze Związkiem Morskim oraz Sparta ze Związkiem Peloponeskim) nie mogła zdobyć przewagi,  jednak ostatecznie wygrała Sparta. Cała ludność Attyki zgromadziła się w obleganych przez Spartan Atenach. Zaopatrzenie dla miasta dostarczano drogą morską, do Pireusu, który był połączony z Atenami tzw. Długimi Murami. Attyka, pustoszona corocznie przez Spartę, pogrążyła się w chaosie. Stłoczenie ludności w obleganym mieście wywołało zarazę w latach 430-426 r. p.n.e., która zabiła około 50 tys. osób. Śmierć poniósł sam Perykles, dowódca wojsk ateńskich. Oblężone Ateny, zdziesiątkowane przez epidemię - skapitulowały w 404 r. p.n.e.

Po wygranej przez Spartę przez krótki okres to ona wiodła prym wśród państw greckich. Niemniej popadła ona w konflikt z Persją i w jego wyniku król perski zajął miasta greckie leżące na terenie Azji Mniejszej. W kolejnych latach toczyły się wojny pomiędzy polis greckimi, które doprowadziły do osłabienia pozycji państw greckich, które zajęte własnymi konfliktami, nie zauważyły, że w siłę urosła Macedonia. Władca macedoński, Filip II opanował greckie miasta i Grecja została uzależniona od Macedonii.