Kotlina Konga charakteryzuje się większymi opadami atmosferycznymi w ciągu roku niż Wyżyna Wschodnioafrykańska co wynika z występowania klimatu o odmianie monsunowej na wschodnim wybrzeżu Afryki. Sprawia to, że pojawiają się tam dwie pory roku: sucha i deszczowa. Obszary te różnią się również średnią temperaturą powietrza - w Kotlinie Konga średnia roczna temperatura powietrza jest wyższa niż na Wyżynie Wschodnioafrykańskiej, co wynika z wysokości nad poziomem morza.