Głównymi źródłami zanieczyszczeń w Morzu Bałtyckim są:

1. Uchodzące do morza rzeki, których woda jest często zanieczyszczona przez działalność rolniczą, przemysłową a także ścieki komunalne; 

2. Zanieczyszczenia pochodzące ze statków, w tym z awarii tankowców;

3. Turystyka (zanieczyszczenia bezpośrednio z wybrzeża, np. puste opakowania);

4. Broń chemiczna i wraki statków, które są pozostałością po działaniach wojennych;