Jeziora polodowcowe powstają na obszarach, które były kiedyś zlodowacone. Ich powstanie związane jest z działalnością lądolodu oraz jego wytapianiem. Działalność lądolodu polegała na żlobieniu w powierzchni terenu rynien przez wody polodowcowe, które następnie zostały wypełnione wodą z topniejącego lądolodu (jeziora rynnowe). Działalność lądolodu mogła również polegać na zatrzymaniu odpływu wody przez materiał fałdowany przed lądolodem - w ten sposób powstały jeziora morenowe. Czasami też małe jeziora powstały przez powolne wytapianie się brył martwego lodu w zagłębieniach terenu - w ten sposób powstały oczka polodowcowe (wytopiskowe). 

W górach również powstawały jeziora w wyniku działalności lodowców górskich - najczęściej są to jeziora cyrkowe (lub inaczej karowe), które wypełniają wodą zagłębienia, które powstały w górnej części lodowca górskiego.