Nosorożec jawajski jest w dalszym ciągu zagrożony wyginięciem mimo że żyje na obszarach prawnie chronionych, ponieważ zachowało się ich jedynie około 50 sztuk, co jest dużym zagrożeniem dla tego gatunku np. w przypadku wystąpienia choroby. Mała liczebność populacji powoduje również problem z różnorodnością genetyczną.