Podobieństwa w budowie amylozy i amylopektyny:

• obie są zbudowane z pierścieni D-glukozy,
• w obu występują wiązania α-1,4-O-glikozydowe, które łączą glukozę w długie łańcuchy,
• w obu struktura przestrzenna stabilizowana jest przez liczne wiązania wodorowe.

Różnice w budowie amylozy i amylopektyny:

• rozgałęzienie łańcucha. Amyloza jest polimerem liniowym, amylopektyna rozgałęzionym.
• obecność α-1,6-O-glikozydowych. W cząsteczkach amylopektyny w miejscach rozgałęzień występują wiązania α-1,6-O-glikozydowe (co około 20 - 30 jednostek D-glukozy).
• wielkość / masa cząsteczkowa. Cząsteczka amylopektyny jest średnio 10 razy większa od cząsteczki amylozy.
• struktura przestrzenna. Amyloza tworzy spiralne helisy stabilizowane licznymi wiązaniami wodorowymi. Amylopektyna z racji na rozgałęzienia tworzy bardziej skomplikowane struktury przestrzenne.

Zachowanie wobec wody:

• Amyloza jest  dobrze rozpuszczalna w wodzie, tworzy z nią roztwór koloidalny.
• Amylopektyna nie jest rozpuszczalna w zimnej wodzie, natomiast w ciepłej wodzie pęcznieje i tworzy roztwór koloidalny.