Podstawą metody chromatografii jest różne powinowactwo poszczególnych składników mieszaniny w stosunku do rozpuszczalnika (eluenta). W przypadku barwników przedstawionych na rysunku, które składają się z mieszaniny różnych kolorów, o rozdziale decyduje powinowactwo każdego z barwników z rozpuszczalnikiem - im mocniej dany barwnik zwiąże się z rozpuszczalnikiem, tym wyżej "powędruje" po bibule do góry. Barwnik, który słabiej zwiąże się z rozpuszczalnikiem znajdzie się niżej i dzięki temu możliwe jest rozdzielenie tych barwników.