W ciemności ustaje faza świetlna fotosyntezy. Oznacza to, że nie powstają ATP ani NADPH. W cyklu Calvina, PGA musi zostać przekształcony do aldehydu 3-fosfoglicerynowego (PGAL, czyli GAP) w reakcjach wymagających ATP i NADPH. Bez tych związków PGA nie może być dalej przekształcany, więc zaczyna się gromadzić. Jednocześnie następuje spadek ilości RuBP, ponieważ zostaje on zużyty w procesie karboksylacji. RuBP nie regeneruje się, gdyż cykl Calvina zatrzymał się na etapie wytwarzania PGA.