Efekt wąskiego gardła jest równoznaczny z gwałtownym spadkiem liczebności populacji, czyli także z gwałtownym zubożeniem puli genowej. W wyniku silnej i niekontrolowanej zmiany liczebności dochodzi w populacji do losowego, odmiennego od wyjściowego, rozkładu alleli, co podczas odtwarzania populacji skutkuje zmianą częstości ich występowania.