Strukturę pierwszorzędową białka histonowego H3 tworzy 136 aminokwasów, które są połączone wiązaniami ( peptydowymi / wodorowymi ). Histony H3 cechuje znaczna zawartość aminokwasów, które mają charakter ( zasadowy / kwasowy / obojętny ), dzięki czemu mogą oddziaływać ( kowalencyjnie / elektrostatycznie ) z DNA.