Plazmid jest cząsteczką kolistą, zatem rozcięcie go w jednym miejscu powoduje, że nadal mamy do czynienia z tylko jednym fragmentem DNA, jednak w postaci liniowej. Dopiero kolejne cięcia dzielą cząsteczkę na mniejsze fragmenty. Jeżeli zatem plazmid posiada dwa miejsca restrykcyjne dla EcoRI oraz dwa miejsca restrykcyjne SmaI, czyli łącznie 4 miejsca restrykcyjne, to w wyniku zastosowania mieszaniny enzymów powstaną 4 fragmenty DNA.