Więcej wiązań wodorowych wytworzy się pomiędzy nicią matrycową a starterem AaltFor. Starter ten  posiada więcej nukleotydów cytozynowych i guaninowych niż starter AaltRev, przy jednoczesnej takiej samej długości całych sekwencji. Podczas łączenia z nicią matrycową cytozyna przyłączać będzie guaninę i odwrotnie. W parze cytozyna-guanina nukleotydy łączą się trzema wiązaniami wodorowymi, zaś adenina-tymina dwoma. Więcej par guanina-cytozyna spowoduje zatem powstanie większej ilości wiązań.