Poprawna kolejność etapów PCR:

• Oddzielenie nici DNA - cząsteczka DNA poddawana jest procesowi denaturacji w temperaturze 95 °C. W jej wyniku dochodzi do rozplecenia helisy i rozerwania wiązań wodorowych pomiędzy obiema nićmi.
• Dołączenie starterów - mieszanina reakcyjna schładzana jest do temperatury 54 °C, a następnie wprowadza się do niej startery, czyli krótkie sekwencje nukleotydów przyłączające się do DNA i umożliwiające rozpoczęcie syntezy nowych nici.
• Synteza DNA - mieszanina reakcyjna jest ponownie ogrzewana do temperatury 72 °C, a następnie wprowadza się do niej polimerazę Taq, która przyłącza kolejne nukleotydy do nowo powstających nici.