a) Kojarzenie krewniacze prowadzi do utrwalania danej cechy  homozygotycznej. W ten sposób otrzymywane są czyste linie o pożądanych z punktu widzenia hodowlanego cechach.

b) W warunkach naturalnych krzyżowanie krewniacze prowadzi do utrwalania mutacji recesywnych, które z punktu widzenia doboru naturalnego mogą być mniej korzystne i stanowić gorsze przystosowanie do warunków środowiska. Następuje również zubożenie puli genowej i zmniejszenie bioróżnorodności.